PDFで、人がコメントで使った図形が不透明に塗りつぶされてしまう

以前からAcrobatに存在する注釈のグループ化に関連するプロパティの障害ですね。これ発生条件が特定できなくてちょっと難儀ですよね。デフォルトに設定するドキュメントの状態にも左右されますから、正常に表示されるドキュメントを使ってデフォルトに設定してみないとだめな場合もあります。

それぞれ利用されているAcrobatの各バージョンを記載しましょう。

正直それだけでは何とも言えないためです。

少なくとも全員がAcrobatまたはAcrobat Readerを利用しているかどうか、というところが気になります。