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状況から、おそらくこちらの問題ではないかと思いますので、ご参照いただければと思います。
ネットの情報でバージョンダウンなさったとのことですが、アプリのバージョンの組み合わせも注意が必要かと思いますので、もしどうにもうまくゆかないようでしたらAfter EffectsからはProResで書き出して、Ver.22.xのメディアエンコーダーでMP4に変換するといった回避法もあるかと思います。
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23.1はビデオ製品全般で、mp4の書き出しに不具合があります。
アプリに共通する対処法として、ファイル名に2バイトフォント(日本語など)を使用しない事です。
英数入力で半角文字の名前を付けるといいでしょう。
その他の対処法については、下記リンクを参考に。
After Effects での既知の問題(After Effects でH.264を書き出す場合)
【トラブルシューティング】Premiere Pro2023(23.1)及びMedia Encoder... - Adobe Support Community - 13406556