movファイルの映像のみ暗くなる

下記リンクによるとGPUドライバーが原因の可能性があります。
NVIDIAの場合はStudioドライバーを選択して下さい。
P: Dark Exposure and Vertical Lines in Footage on ... - Adobe Community - 14651956 

出来ればそれぞれの具体的な利用バージョン、OSの具体的なバージョン、Macの場合は年代を含む機種名等を記載いただく方がいいとは思います。

そのうえで、どのようなエンコーディングの設定をされているか、も記載いただいた方がいいでしょう。

エンコーディングのことなのでMedia Encoderフォーラムのほうがいいような気がしますが、とりあえずは情報を出される方がいいとは思います。