カラー印刷がモノクロになっていまいます

とりあえずですが、直接C5100sに出力するのではなく、

一度PSファイルに書き出してからAcrobat Distillerを用いてPDFにした場合の確認を行ってみてください。

その際のPPDは、Adobe PDFとC5100sのPPD、両方で確認をしてみてください。

またC5100sにE22Bオプション（PostScript）を付けている場合、Fieryコントローラーの方から

そのPSファイルをインポート（またはホットフォルダ経由）で出力した場合はどうでしょうか。

要はInDesignで発生しているのか、それともプリンタードライバーで発生しているのかの、

原因の切り分けを行う一環になりますが、今回、そこまでやっていないようには思います。

ちなみに当方のWindows 10 RS3で、Adobe PDFおよびOKI Microline C941のPPDを用いて

PSファイルを書き出し、DistillerでPDFにした場合はカラーは反映されています。

ただCymk200さんの仰るように、動作保証外なのはまた事実です。

当方もあくまでも検証用に利用しているだけなので、あらゆる環境で確実にそうなることを

保証するものではありませんし、自己責任で運用しています。

プリンタのメーカーはどこ何という機種ですか？

この場合プリンタの情報も重要になってくると思います。

またご存知かどうかはわかりませんが、CS6はWin10動作非保障なので、そこら辺のトラブルである場合解決が難しいと思います。

業務で使用されている場合動作保証なしというのは非常に危ないのでバージョンの整合性を確認しましょう。