トンボ付きPDFで書き出しをするとトンボ周辺に空白ができる

一応こういう方法もないことはないですが、

InDesignCS3のトンボの塗り足しについて - InD-Board 過去ログ《InDesignの勉強部屋 BBS・掲示板》

あくまでトンボ含めてうるさい方に見せるときのみの方法かな、と。

またページものでしたらそちらで付けたトンボはどっちにしても使われないですし、付けないで入稿するように印刷会社と話し合うか、気にしないか、だと思います。

CS5 omachiさんの仰る通りではあります、が、余白幅自体はかなり大きいのであればともかく、

仕上がりとしての最終結果に影響する範囲ではないと思います。

そして、この余白はトンボの太さに比例して大きくなりますから、

最小幅の0.05mmにすることで極力細くすることはできるようにはなっています（0.13mm相当）。

それでも余白が出るのが困る場合、その不都合の理由を明確化されたほうがいいのではないかと思います。

印刷の現場ではトンボ付きPDFは、校正提出時にしか（それも、それを要求される特別の場合）

作成しないと思うのですが（つまり最終成果物には影響しない）、

私はトンボに白フチがついても、特に問題とは思っていません。

それでどんな問題があるのか聞きたいところです。

それはともかく、InDesignで作成するトンボでは白フチがついてしまうので、

避けるためには自分でトンボ線を描くしかありません。

印刷可能領域をトンボ線が含まれる大きさまで広げてやることで、

その大きさのPDFファイルが作成されます。