ハイパーリンク設定したURLがエンコードされてページが表示されない

CS６を使用してます。

ハイパーリンク設定でURLに　#　や　？　を含むアドレスを指定するとエンコードされて　%23　や　%3F　に置き換えられてリンク設定されます。

これをPDFに書き出してリンク設定を確認すると参照先のページがないというエラーになって該当するページを表示できません。

URLをエンコードしない設定方法や参照方法をご存知であれば教えてください。

どうぞよろしくお願いいたします。