白黒のjpeg画像が緑色に表示される

細かい部分の解析はしていませんが、どうもクリスタからの書き出しは、いわゆるJFIFではなくてExifになるようですね。
InDesignがこのフォーマットをサポートしていないのだと思います。
一旦Photoshopで保存し直すというのが現状の最適解でしょう。

なりますねぇ、大変面白い。サンプルファイル付けておきます。

https://d.pr/i/u3eGwe

ただこれ、Photoshop等で再保存すれば普通に見えるので、クリスタの書き出しがおかしい＆InDesignのほうと合っていない、とかでしょう。JPEG解析は得意な方がいるはずですからお任せします…

ところで、

1. 作品はカラーなのでしょうか？
2. JPEGで保存したのはなぜですか？

特別な理由があるようでしたら、以上教えてもらえますか。

グレーならクリスタからグレーで書き出すべきです。CMYKで書き出すと、印刷でおかしな感じになりますよ（CMYK全版出力されるため、線が全て版ズレして色が滲む）。

またJPEGのような劣化するファイル形式ではなく、PSDやTIFFで書き出してみてはいかがでしょうか。

クリップスタジオ側で非表示の緑色のレイヤーか何かできているのではないかと思うのですが、クリップスタジオのことはよくわからないのです。

とりあえず、Photoshopで開いてみて、緑色になる要素があるかどうか確認してみてはいかがでしょうか。

あったらそれを削除して、グレースケール変換するといいと思います。

もし元画像をPhotoshopで確認しても緑色になる要素がなく、かつ白くなるはずのところが透過しているようであれば、InDesignで画像を配置している画像フレームに緑色が設定されているかもしれません。

フレームを選んで、スウォッチパネルで塗りを確認してみてください。

もし緑色が設定されていたら、塗りを「なし」もしくは「紙色」にしましょう。