aiデータを再配置した際に縮小サイズで配置されてしまいます。

新規配置時点での読み込みオプションと、縮小されるaiファイルの

編集作業内容がどうなっているのかが気になるところです。

まずは公式のヘルプで読み込みオプションの情報を確認してください。

Adobe InDesign * グラフィックの配置

オプション設定が境界線ボックスやアートの場合、

アートボードサイズではなく、aiで配置されているオブジェクトサイズ

（バウンディングボックス）を基準にしてサイズ枠を認識します。

その後、Illustratorでの編集した際に、

バウンディングボックスのサイズが変わる状態での変更を行うと、

InDesignのリンクパネル等で更新処理した場合には、

更新後のバウンディングボックスサイズが、更新前のサイズを基準に

自動的に拡大・縮小されます。

例を出しますと、100×100mmのバウンディングボックスで認識している

Illustratorデータを、新規配置時にアートで配置（100%）した後、

Illustratorで110×110mmのバウンディングボックス状態にしてから

更新すると、90.9%の状態になる、というものです。

これについて回避する場合、

新規配置時点において他のオプション設定で配置するか、

配置済みの場合は一旦配置しているオブジェクトを削除したうえで再配置するか、

monokanoさんの仰る方法のいずれかになると考えます。