ExcelのファイルをinDesignへ自動組版すると改行が反映されません

ほうじちゃさん：

自動組版する、とは、データ結合のことを指していますか？ それともサードパーティ製ツールやスクリプトなどをお使いですか？

文中にもあるので、以下、おそらくデータ結合のことを指しているだろうとして書きます。

結果から言うとセル内の改行は保持されません。

Excel上でセル内改行を検索置換し、適当な記号などに変えておくのが手っ取り早いです。

つまり、InDesignに流し込んだ上で、改めて改行に変換するという感じです。

Excelで改行文字を検索するには

https://office-hack.com/excel/newline-search/

このあたりをご参照ください。

データ結合を使用する際はエクセル固有の改行処理は使わないようにするのが無難でしょうね。
自分の場合ですが、Excel上で「■改行■」などに置換しておき、データ結合後InDesign上で「■改行■→^p」と検索置換することで再現しています。

Excel上で改行記号を検索する場合はCtrl+Jキーで探せます。