Illustratorとindesignにて 同じスウォッチ設定なのに出力すると色が異なってしまいます

出力というのがプリンターで印刷することでしたらIllustratorとIndesignのプリントを開きカラーマネジメントのプロファイルがどちらも同じになっているか確認してみてください
違う場合は同じ数値でも違う色で印刷されると思います
プリンターからはおそらくプリントで指定されたプロファイルで変換して印刷されるのでドキュメントのICCプロファイルやカラーモードが何であってもあまり関係ない可能性がありますね

katayanagi51さんのご指摘もありますが、スウォッチの種類が特色かどうかなども気になります。

画面表示だけではあまりあてにならないので、設定・数値の確認が必要です。

また印刷用データであれば、PDFにしたうえで、Acrobatでの出力プレビューやオブジェクトインスペクターの情報を確認することも必要になります。

前提条件は必須情報ですから、Illustrator、InDesignのバージョンとOSのバージョンは記載しましょう。

Illustratorのカラーモード、Illustrator、InDesignそれぞれのドキュメントのICCプロファイルが何か、またBridge（じゃなくてもいいですが）でカラー設定が統一されているかといった情報も必要かと思います。

プリンタの種類（機種）もあったほうがよいです。