解決済み
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その表示はミッシンググリフ、つまりは設定しているフォント内には含まれない字形で、
InDesignでは基本的にはその表示になります。
また今回の場合、u+2318(⌘)ではなく、u+2325(⌥)やu+2303(⌃)で起きているのではないでしょうか。
多くのフォントではこれらのグリフは含まれていません。
Windows版の12.1.0.56(CC 2017)と小塚ゴシック Pr6N Rで処理しても同様の結果になります。
そして表示を消していない限り、本来は警告ダイアログが表示されるのが本来の動作です。

またプリフライトですが、この「見つからない字形」については、デフォルトではエラーにはなりません。
エラーにするにはカスタム設定で変更したものを選んでおく必要があるためです。

いずれにしても、今回の場合はそのグリフを持つフォントを個別に割り当てするなどの措置が
必要になると思いますがどうでしょうか。
(個別といっても合成フォントの特例文字や正規表現スタイルでの自動処理は可能です)
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