PDF書き出しで画像が劣化します

「PDF互換ファイルを作成」にチェックを入れてaiファイル保存すると、ネイティブデータと同じ見た目のPDFデータが生成されます。aiファイルの中には「ネイティブデータ」と「生成されたPDFデータ」の異なる2種類のデータが格納されます。

これをinddに配置すると、inddから見えているのは「生成されたPDFデータ」のみです。「ネイティブデータ」は全く認識しません。InDesignは、aiファイルをPDFファイルと認識しているわけです。

ここで問題になるのが「生成されたPDFデータ」です。実は、Illustratorはこの生成に失敗することがあります。もしかするとinddには「生成に失敗したPDFデータ」が見えているのかもしれません。

aiファイル保存時にPDFデータの生成を失敗しないようにするには、Illustrator環境設定の「ファイル管理...」で「バックグラウンドで○○」をチェックOFFにします。この設定で再度aiファイルを保存し直して、inddにリンクしてみてください。

Omachiさんと同じ話ですが、該当の画像について、「配置状態」での解像度がどうなっているかも関わります。

縮小配置などをした場合は相対的に密度は上がりますので、（もともと350ppiだったものを70%縮小すると500ppiになるなど）、その点も確認されたほうがいいでしょう。

確実なのはプリセットではなく、カスタムしたPDF設定を作成してしまうことです。

出力先にもよりますが、ダウンサンプルなし＋圧縮なし（またはzip圧縮）にすれば、劣化は防げます。

[PDF/X-4:2008 (日本)]はもともと450ppi以上の画像はダウンサンプルを行うプリセットです。

ですから、ダウンサンプルされてしまった画像が配置後に450ppi以上であれば正常な動作です。

これはIllustratorでも同じ設定ファイルを読み込んでいるので同様のはずです（図はIllustratorの書き出し→書き出し形式でPDFを指定したときの画面）。

ですから、配置後のppiが450を超えていたのかどうかで、InDesignの問題かどうかが違ってきます。

また、450を超えていた場合、InDesign側の動作は正常といえるので、Illustratorでppiを誤って認識するような問題が潜んでいる可能性もあります。

いずれにせよ、バグが絡む問題なので、どのバージョン（IllustratorとInDesign双方）で発生するか（Windows版とMac版で挙動が異なる）、またOSとの相性で挙動が異なることもありますのでOSのバージョンも必須情報です。

あとは、配置後のppiはいくつなのか、ということもわからないと解決には向かいません。