「Pr6」と「Pr6N」が混在するデータを作ることに、問題がありますか？

InDesign（cc2017）で、「Pr6」と「Pr6N」（具体的には、モリサワフォントの秀英明朝）が混在するデータを作ることに、問題がありますかどうか、ご教授よろしくお願いいたします。

そのInDesign書類は、基本は「Pr6」すなわち「JIS90」体系で、ごく一部の漢字字形を「Pr6N」すなわち「JIS2004」にしたい、というものです。「JIS2004」にしたい漢字の数があまりに多いので、手動で字形変換するよりは、一括で置換したい（一括置換したほうが事故が起きないと考えた）、のです。

「Pr6」と「Pr6N」とは、まったく別フォント、と考えれば、なんの問題もないようにも感じつつ、他所での（自分のPCではなく、印刷所での）出力時に問題が発生しないか不安を覚え、お問い合わせの次第です。

よろしくお願いいたします。