他人に送ったデータが過去のデータになっている

私の予想では、以下の条件で起きたと思います。

1. Illustratorファイルを「PDF互換ファイルを作成」にチェックマークを入れて保存している。
2. リンク画像を編集保存した後、Illustratorファイルを開いて確認はしているが、ファイルを再保存してない。
3.  印刷会社側では、送られたIllustratorファイルを直接開かずに、InDesignなどに貼り付けて出力している。

Illustratorのファイルは、Illustratorネイティブの部分とPDFの部分の２層構造になっています。
ファイルをIllustratorで開くときは、ネイティブ部分を開き、新しいリンクファイルを読み込んで表示します。そこで、上書き保存をすれば、PDF部分の画像も更新されますが、そのまま閉じれば、PDF部分は、古い画像のままです。

InDesignなどは、IllustratorのPDF部分を読み込んで出力しますので、古い画像まま出力されます。

ネイティブデータでの入稿は、データに問題があった場合の非常手段にして、メインは、PDF/Xでの運用にした方が良いと思います。

zip内のファイルを確認して最新になっているのであれば、送信先で古いデータになっていることはあり得ない話だと思います。

入稿を二度行った場合であれば、送信先で誤って旧データを開いた、ということはないでしょうか。

いずれにしても二者間での問題でもあるので、その点は相互に確認が必要なところです。

またIllustratorに配置されているようですが、PDF/Xではなく、ネイティブ入稿なのでしょうか。

できればデータ運用としても双方で見直しをされることをおすすめします。