黒背景素材の透過方法

下記サイトで提供されている「Un-Multiply」というアクションを使用すれば、透過状態を保ったまま切り抜きができます。
ayato@web 

合成する時の描画モードは「通常」です。

レイヤーをダブルクリックして「レイヤースタイル」の編集画面へ、

下のほうにある「ブレンド条件」の左端（黒）のスライダーを内側へドラッグ、

いいところで止めて、そのスライダー（実は2つくっついているので）の右側をoptionキー押しながらさらに内側へドラッグ

というのをやってみてください。

確認用に、全体をなにかてきとうな色で塗りつぶしたレイヤーを背面に置いておくとやりやすいです。

もしくは、そのまま描画モードだけ「スクリーン」などに変更して使う手もあります。