書き出し後、特定のクリップだけ停止する原因が分かりません | Premiere Pro

ひとまず、事前のファイル変換で問題を回避できたようで良かったです。

>ちなみに「ファイル変換を用いるよりも、画質の面で良い結果が得られると思います。」と仰っておられましたが、「Adobe Media Encoder」の使用は画質の低下につながるのでしょうか？

Media Encoderに限らず、動画ファイルの変換は「可逆圧縮」もしくは「非圧縮」（厳密にはbit深度・色域・色解像度も考慮する必要があります）を除いては、多かれ少なかれ映像の劣化が伴います。

ですので、画質の点だけで申しますと、変換せずに問題無く扱える方がメリットはあると思います。

全く別の視点では、様々な種類の素材を一つの形式に統一して（変換して）編集作業を開始するという考え方もあります。

これは、今回のようなトラブルの回避のほか、負荷が高い（動作がもたついて快適に編集できない）コーデックの素材も、変換することでサクサク編集できるようにする、といったメリットがあります。

そういったケースでは、ファイルサイズは大きくなるものの画質の劣化が少なくパソコンの負荷も軽い「ProRes 422」ファミリーのコーデックなどが用いられます。

（XDCAM形式と呼ばれるものを採用するケースもあるかと思います。）

画質の劣化に敏感である必要が無い場合には、H.264のMP4でビットレートを高め（1920×1080のHDサイズで概ね25Mbps以上）にしておけば、劣化が問題になることはあまりないのではないかなと思いますが、タイムラプスでフレームごとの画像内容の変化が激しい場合には、ProResの方が好ましい結果になるかもしれません。