突然、mp4だけ音を認識しなくなりました

タイムラインにのせたときに音がのらないmp4ファイルは、ソースモニターで再生したときも音が再生されない状態でしょうか？　もしソースモニターでも音が出ないようですと、音声なしのクリップとして読み込まれているのかもしれません。

その場合、既にタイムラインにのっていて音が出るmp4と、音が出ないmp4が同じカメラの同じ設定で収録されたもの（もしくは、同じソフトで同じ設定で書き出されたもの）ですと、何かの拍子にメディアキャッシュファイルに不具合が起きている可能性が考えられます。

今回とは少し異なる現象への対応ですが、こちらの情報が役に立つかもしれません。

【お知らせ】Premiere Pro CC 2015.3 (10.3)アップデート後、プロジェクトを開くとメディアオフラインになったり、音声が出ない状態になる

音が出るmp4と音が出ないmp4が異なる機器で作成されたものですと、音声のコーデックの問題かもしれません。

ソースモニターでは音が出るけれどもタイムラインに音がのらないという場合は、MTSは問題ないということからオーディオチャンネルの数などが載せようとしているタイムラインのトラックと合っていないことが考えられます。

その場合は、プロジェクトウィンドウからmp4ファイルをドラッグ&ドロップでタイムラインの「マスター」トラックのさらに下あたりにのせると、クリップに合った新しいオーディオトラックができると思います（映像も付いてきてしまうので、必要に応じて既存の映像トラックは鍵アイコンをクリックしておくなど、間違って上書きしないようにお気を付けください）。

うまくゆかないようでしたら、OSのバージョンやmp4ファイルの仕様（作成した機器やソフトなど）をお書き添えいただけましたら、なにかヒントがつかめるかもしれません。