編集中と書き出し後で、調整した音声のレベル等が異なってしまう。

同じ症状になったことがないためなんとも言えないのですが、
Premiere Pro側のトラブルの場合は下記を試すことで改善することが多いです。

・キャッシュの削除
・おかしいなと思ったら（Windows 版 Premiere Pro CC）
下記ヘルプの「B. 環境設定フォルダーの再作成」が該当します。
https://helpx.adobe.com/jp/premiere-pro/kb/cq02250242.html
・おかしいなと思ったら（Mac OS 版 Premiere Pro CC）
下記ヘルプの「B. 環境設定フォルダーの再作成」が該当します。
https://helpx.adobe.com/jp/premiere-pro/kb/cq022502421.html

私もCkunさんの内容と同じとなるのですが、
一度に解決が想像できない現象のため、使用しているエフェクトを一部OFFICEなりにして書き出しを実施・検証と問題の切り分けを行う方法になるかと思います。

基本的には編集中の音と書き出し後の音が変わることはあってはならないことなのですが（放送に関わるものの場合は搬入不可になる可能性がありますので）、エフェクトを多用されているようなのでそのあたりで何か不具合が起きているのかもしれません。

まず、書き出しはPremierre Proから直接書き出されているか、キューを送ってMedia Encoderで時書き出しているか、どちらでしょうか？

後者の場合は、Premiere Proで直接書き出してみるといかがでしょうか。

Premiere Proでの書き出しでも問題がある場合は、使用しているエフェクトや調整などのうち、どれがうまく機能していないか探って原因の切り分けをしてゆくと良いと思います。

ノイズリダクションは再生の仕方により聞こえ具合が変わることもあり得るので、そういったことも注意が必要かもしれません。