Amazonの１２ヶ月版を購入したが、サブスクのまま

サブスク契約中に引き換えコードを入力した場合は、サブスクリプション自体がキャンセルされるわけでなく、通常年一回もしくは年12回あるカードからの引き落としが1年分スキップされることになります。それから、サブスクプランが安くなると出ていたというのは直接契約のプラン選択についてかと思いますが、サブスクリプションの契約とダウンロードカードの入力が重なって問題が生じている可能性も考えられます。
とりあえず、アカウントにログインして次回の請求がどうなっているかを確認してください。次回の請求が１年後になっていない場合はチャットサポートに連絡を。

ちなみに、通常ダウンロードカードは入力後数分で反映されますが、色々な要因で数時間かかる場合もあります。