レイヤーの編集、コピーについて

そうですね、IllustratorやInDesignにPDFを配置してレイヤーを作成した上で色々な情報を配置していくようなワークフローのほうが適切ですね。レイヤーごとの扱いも容易だし、コピペもやりやすいかと思います。

Ten Aさんが書かれているとおりだと思います。そのワークフローはお勧めできません。

もし元となったアプリケーションでの管理が難しい場合は，PDFファイル（元データ）自体は改変せずに，Illustrator，InDesign，あるいはPowerPointなど別のアプリケーションで「図形と番号を管理」したほうがよいように思います。

PDFを編集したい場合、Acrobat Pro DCが必要です。
しかし、PDFというのは元来マルチプラットフォームで体裁が崩れずに見ることができるように各種アプリケーションから変換したものです。オリジナルのドキュメントを編集する様に効率的に編集することは出来ません。
また、Acrobat Pro DCでのレイヤー操作は高機能ではありません。元のアプリケーションが構成したレイヤー構造を保持できて参照できるぐらいのものです。Acroabatでレイヤーを追加するには別ファイルを読み込む操作が必要になる等、けっして操作性が良いものではありません。
PDFを編集するよりは元となったアプリケーションで管理したほうが格段に効率が良いので、想定したようなワークフローはお勧めできません。