他のpdfファイルのコメントをインポートすると、90°回転して取り込まれる

fdfまたはfdfxファイルを取り込んだ結果、ということでしょうか。

また、コメントを入れてfdfを書き出したPDFと、取り込んだPDFの中身はもともと同じものでしょうか。

fdfやfdfxについては、内部的にはページ・配置座標・コメントの内容くらいしか情報がなく、コメントを付けたものとまるで異なるものに対しても読み込み自体はできてしまいます。

また、コメントを入れている間に、ページ回転などをしてから入れてしまうと、その状態も反映されるわけなので、状態が異なるPDFになってしまっていると、90度回転ということもありえるところです。

いずれにしても、まずはコメントを入れたPDF自体、全て確認してみるほうがいいでしょう。