塗りつぶした部分が拡大などを行うと一瞬表示されてしまう

仕様です。注釈はドキュメントに乗っているだけで、元のドキュメントを変更しません。

しかも、印刷する際は注釈を含めずに印刷することができるので、注釈機能を使って隠すということは無意味です。

隠したいのであればProの墨消し機能を使うか、ProまたはStandardでPDFファイルを改変（ただし後続文字がずれる可能性があるのでお勧めしません）するしかありません。