PDFを閉じるときに毎回、表示がでる

Acrobat Readerで表示されている表示であれば、必要な初期情報の書き込みがうまくできていないのかもしれません。

いったんReaderをアンインストール及び再インストールをしてみた場合はどうでしょうか。

また可能な場合、OSのほうで新規のローカルアカウント（半角英数字名）を作成し、そちらでログインしたうえで、同じ問題が起きるかの確認をしてみることになりそうです。