Templatesの更新時に、hrefでリンクしている箇所全ての先頭に「Templates/」と追加されるようになってしまった

Dreamweaverのテンプレート機能を使って１年以上運用しているサイトで、Templatesの更新ができなくなってしまったのでご相談させてください。

Templatesフォルダ内にdwtファイルを置いています。
このファイルを修正・保存して、紐付いているhtmlファイルを更新した時に、
例えば
<link rel="stylesheet" href="css/top.css">
の記述が
<link rel="stylesheet" href="Templates/css/top.css">
のようになってしまいます。

HTMLファイルを開いて、そこから「ツール→テンプレート→テンプレートをページに適用」の順で反映した場合にも、同様の症状が起こります。
どなたか、似た事例の解決策をご存知でしょうか？