MKV 영상을 스트림 복사, remux한 MP4를 사용하면 호환에 문제되나요?

최근 OBS로 녹화된 MKV 영상을 사용하기 시작했습니다.

MP4로 바꿔서 편집하는데, 프리뷰 재생 중 무작위로 1프레임씩 깨지거나 튀는 오디오 문제가 나타납니다. (audio popping, audio crackling)

이 상태로 렌더링을 진행하면 그 깨진 오디오가 그대로 포함됩니다. 

영상을 타임라인에서 1 ~ 10프레임 단위로 늘리거나 이동시키면 이 문제가 사라집니다. 

메모리/캐시 삭제, 버퍼 사이즈/샘플레이트 조정, 오디오 input을 없음으로, 오디오만 추출해서 재인코딩, wav/aiff 변환 등등 

거의 모든 방법을 시도해봤지만, 해결되지 않았습니다.

제 소견으로는, 지원되지 않는 MKV 영상을 재인코딩 없이 형식만 MP4로 바꾸니 이런 오디오 문제가 발생한 것 같습니다.