権限の設定をしてもアプリを閉じると0に戻っている

FTPしているのはレンタルサーバーでしょうか？　もしくは会社や個人で運用しているウェブサーバーでしょうか？

ご提示いただいている情報が少なすぎるので、過去のスレッドの中からエキスパートのアドバイス内容が書かれているものをご紹介します。ご自分で検証してみてください。

https://community.adobe.com/t5/dreamweaver%E3%83%95%E3%82%A9%E3%83%BC%E3%83%A9%E3%83%A0-discussions/%E7%89%B9%E5%AE%9A%E3%81%AE%E3%83%9A%E3%83%BC%E3%82%B8%E3%81%AE%E3%81%BFput%E3%81%A7%E3%81%8D%E3%81%BE%E3%81%9B%E3%82%93/td-p/12047160?profile.language=ja

解決しない場合は、上記スレッドのやりとりのように、どんなファイルをどんな環境でどのように作業されているのかを具体的にお示しください。回答がつきやすくなります。