入力と署名で入力した2バイト文字の文字化け

抽出は無理ではないでしょうか…。

文字コード方面は素人なので当てずっぽうになりますが，謎のコード変換（マッピング？）が行われているように思います。

（下記リンク先の投稿に添付されていた「PDF1-2.pdf」の化けた文字列の情報をInDesignで眺めただけです…）

Acrobat Reader バージョン 2023.003.20269 の注釈の問題 

リンク先の雄太5CA7さんの書き込みを参考に，CIDFontフォルダをリネームして殺した状態でAcrobatReader（32bit版，2023.003.20269）を起動し「入力と署名」で入力して保存してみると，リネーム前には発生しなかった文字化け（〼〼〼〼〼みたいなもの）を再現することができました。

2023.003.20269がCIDFontフォルダを上手く扱えていないような印象ですが，すべてのパソコンで文字化けが発生しているわけではないので，発生条件の特定は素人には難しそうです。

既存データのテキスト抽出はいったん諦めていただいて，小塚明朝のシステムへのインストールを試してみてください。結果をご報告いただけるとありがたいです。